Facturación: En la versión 1 del régimen, la factura era confeccionada por el operador logístico por cuenta y orden del usuario del régimen. En esta nueva versión la confección de los comprobantes es gestionada por el propio usuario del régimen.
Documento de Exportación Simplificada: En la versión 1 el portal emitía un documento denominado factura proforma. En la versión 2 este documento es reemplazado por el "Documento de Exportación Simplificada" (DES)
Operadores Logísticos: En la versión 1 los operadores logísticos del régimen eran prestadores CUSE. En la versión 2 se creó la figura de "Operador Logístico Exporta Simple", permitiendo la incorporación de más operadores al régimen.
Integración de Sistemas: En la versión 1 el Portal Exporta Simple y los sistemas de AFIP no tenían comunicación. En la versión 2 se implementa una integración entre los sistemas que permiten mejorar el control del régimen, minimizar posibles errores de carga de información y la comunicación de eventos relevantes a los usuarios, permitiendo realizar el seguimiento de las operaciones desde la generación del DES hasta el cobro de los reintegros desde el Portal Exporta Simple.